Matt Cutts, de Google, responde a una consulta sobre el valor que da Google a los enlaces en el pie de las páginas:

Ok, tenemos una pregunta de Andrés de Boston, que dice: ¿Trata Google los enlaces en los pies de página diferente a los del medio del texto, por ejemplo, en un párrafo?

Si vas y lees el documento original del PageRank, dice que los enlaces se distribuyen completamente de forma uniforme, el PR se distribuía sin importar si el enlace estaba al principio o al final de la página, en el pie de página, en el texto, y demás. En general nuestro análisis de enlaces continúa haciéndose más y más sofisticado hasta el punto que lo que hoy contabilizamos todavía se llama PR y es aún parecido al PR original, pero mucho más sofisticado que esa versión.

Así, que nos reservamos el derecho de tratar a estos enlaces de forma ligeramente diferente. Por ejemplo, si algo está en el pie de página, podría no tener el mismo peso editorial, porque alguien podría haber colocado un enlace y esto podría darse en todo el sitio web y algo que en realidad debería ser un párrafo de texto es más bien un enlace editorial, así que nos reservamos el derecho de tratarlos de forma diferente respecto a cómo los tratamos para relevancia, cómo los consideramos en cuanto a reputación, cuánto confiamos en ellos y todo ese tipo de cosas.

Ver el vídeo en el artículo original: Enlaces en los pies de página. Vídeos de Matt Cutts.